La qualitat de les aigües de la vall del Madriu-Perafita-Claror fa que hi hagi una gran varietat d’animals que poblen els ambients aquàtics i que estan amenaçats per la fragilitat del seu hàbitat. Així totes les espècies d’amfibis presents a la vall estan incloses en l’annex II del Conveni de Berna, per la qual cosa són espècies estrictament protegides de les quals també és protegeix el seu hàbitat prohibint la deterioració o la destrucció intencionades dels llocs de reproducció o de les seves àrees de repòs.

A les aigües netes de zones humides, rius i rierols trobem el tritó pirinenc (Calotriton asper) endemisme pirinenc amenaçat al nostre país per la pèrdua d’hàbitat. Habiten també en aquests ambients humits la salamandra (Salamandra salamandra), la granota roja (Rana temporaria), i el gripau comú (Bufo bufo).

Pel que fa als peixos (Actino, Hi podem trobar a part de la truita comuna (Salmo trutta fario), que és l’única espècie autòctona i present en la majoria dels rius i estanys, la truita irisada (Onchorhynchus mykiss), el salmó de font (Salvelinus fontinalis), i el barb roig (Phoxinus phoxinus).